預言者オラクル（グロリア・フォスター）と仮想空間で再会したネオ（キアヌ・リーブス）は、マシンとの戦いを終わらせるためにはマトリックスの設計者アーキテクト（ヘルムート・バカイティス）に会わなければならないと聞かされる。そのためには暗号解読プログラム「キー・メーカー」の協力が不可欠だったが、不正プログラム集団、メロビンジアン（ランベール・ウィルソン）一味に幽閉されている「キー・メーカー」救出のため、ネオたちは一味の「城」に乗り込むー。
キアヌ・リーブス / キャリー＝アン・モス / ローレンス・フィッシュバーン / ヒューゴ・ウィーヴィング
